การดําเนินการเพื่อการบริหารงานวิจัยในอดีตย้อนหลัง 5 ปี มหาวิทยาลัยได้มีการดําเนินการวิจัย ด้านหลักคําสอนทางพระพุทธศาสนา การนําหลักพุทธธรรมไปประยุกต์ในการพัฒนาบุคคลและสังคม การ วิจัยด้านการเรียนการสอน การศึกษา การพัฒนาสังคม การพัฒนาคุณภาพชีวิต การเรียนรู้ ภูมิปัญญาท้องถิ่น การสร้างความเข้มแข็งในองค์กร การวิจัยเชิงพุทธบูรณาการกับศาสตร์ต่าง ๆ ดังนี้
1) ปีงบประมาณ พ.ศ. 2557 ได้รับอนุมัติดําเนินการโครงการวิจัย 118 โครงการ ด้วยเงิน งบประมาณ จํานวน 22,558,600 บาท และดําเนินการเสร็จแล้ว 85 เรื่อง เช่น เรื่อง การบูรณาการหลัก คําสอนและแนวปฏิบัติเพื่อส่งเสริมการอยู่ร่วมกันของชุมชนชาวพุทธ คริสต์ และอิสลามในประเทศไทย, การ ใช้ชีวิตในสังคมออนไลน์ตามหลักพุทธวิธี, การพัฒนารูปแบบการดูแลสุขภาพองค์รวมของพระสงฆ์ในจังหวัด ขอนแก่นโดย เน้นการมีส่วนร่วมของเครือข่าย, Revival and restoration of Buddhism Laos: Introspection on ven. Sali Kantalilo’s (a Thai monk) multi-faceted and strategic dhamma propagation, การพัฒนาหลักสูตรพุทธอาเซียนของมหาวิทยาลัยสงฆ์ผ่านการบูรณาการความรู้เรื่องปรัชญา เศรษฐกิจพอเพียงของไทยและกลุ่มประเทศ CLMV เป็นต้น
2) ปีงบประมาณ พ.ศ. 2558 ได้รับอนุมัติดําเนินการโครงการวิจัย 164 โครงการ ด้วยเงิน งบประมาณ จํานวน 23,556,800 บาท และดําเนินการเสร็จแล้ว 120 เรื่อง เช่น เรื่อง ECO-Town : รูปแบบและการจัดการสิ่งแวดล้อมของวัดในกรุงเทพมหานครตามหลักนิเวศวิทยาพระพุทธศาสนา, รูปแบบ การพัฒนาบึงน้ําขนาดใหญ่แบบมีส่วนร่วมในสังคมไทย, การประยุกต์ใช้และบทบาทการมีส่วนร่วมขับเคลื่อน เศรษฐกิจพอเพียงของพระสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ, การตรวจชําระและศึกษาวิเคราะห์พระไตรปิฎกใน คัมภีร์ล้านนาฉบับวัดสูงเม่น อ.สูงเม่น จ.แพร่, การเสริมสร้างความสัมพันธ์ทางสังคมและวัฒนธรรมระดับ ชุมชนในอาเซียน, ปัจจัยคัดสรรเชิงพุทธที่มีอิทธิพลต่อสุขภาวะทางจิตของผู้สูงอายุ, รูปแบบการฟื้นฟูและ ป้องกันยาเสพติดตามแนวทางพระพุทธศาสนา : กรณีศึกษา วัดพุทธเกษม อําเภอน้ําพอง จังหวัดขอนแก่น, การเปลี่ยนแปลงวัฒนธรรมเกี่ยวกับข้าวของชาวเกษตรกรในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เป็นต้น
3) ปีงบประมาณ พ.ศ. 2559 ได้อนุมัติให้ดําเนินการโครงการวิจัยเบื้องต้น 209 โครงการ ด้วย เงินงบประมาณ จํานวน 40,566,000 บาท และดําเนินการเสร็จแล้ว 132 เรื่อง โดยดําเนินการวิจัย เช่น เรื่อง หมู่บ้านรักษาศีล 5 : รูปแบบและกระบวนการเสริมสร้างวัฒนธรรมการอยู่ร่วมกันของสังคมไทย, การ พัฒนาระบบสืบค้นและการอนุรักษ์เอกสารและคัมภีร์โบราณของวัดในสังคมไทย, พุทธจิตวิทยาบูรณาการ : รูปแบบและกระบวนการเสริมสร้างสุขภาวะองค์รวมของครอบครัวและสังคม, การปฏิบัติและการสอบ อารมณ์กรรมฐานตามหลักพระพุทธศาสนาเถรวาทในประเทศสมาชิกอาเซียน, ยุทธศาสตร์การป้องกันและ แก้ไขปัญหาอุทกภัยในพื้นที่กลางน้ํา, การจัดการเรียนรู้เพื่อสร้างจิตสํานึกแห่งความเป็นพลเมืองตามแนว พระพุทธศาสนาในประเทศไทย, การศึกษาประวัติศาสตร์และพุทธศิลป์ในชุมชนโบราณ : เมืองนครซม เมือง ไตรตรึงษ์และเมืองบางพาน จังหวัดกําแพงเพชร, รูปแบบการใช้วัดเป็นศูนย์กลางในการดูแลผู้สูงอายใน อนาคต เป็นต้น
4) ปีงบประมาณ 2560 ได้อนุมัติให้ดําเนินการโครงการวิจัยเบื้องต้น 374 โครงการ ด้วยเงิน งบประมาณ จํานวน 58,961,500 บาท โดยมีโครงการการวิจัยเด่น เช่น เรื่อง การพัฒนาเทคโนโลยีเครื่อง จับยึดและพลิกคัมภีร์ใบลานอัตโนมัติสําหรับการถ่ายภาพดิจิทัลเพื่ออนุรักษ์คัมภีร์ธรรมทางพระพุทธศาสนา โดยความร่วมมือกับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ การฟื้นฟูคุณภาพชีวิตของผู้สูงอายุ ที่ได้เข้าร่วมโครงการการปฏิบัติวิปัสสนากัมมัฏฐาน การพัฒนารูปแบบความเป็นครูในศตวรรษที่ 21 บน พื้นฐานของจรรยาบรรณวิชาชีพเชิงพุทธบูรณาการ นวัตกรรมการรักษาแผลเรื้อรังเพื่อป้องกันความพิการ ผู้ป่วยเบาหวานด้วยยาสมุนไพรและการรักษาเชิงพุทธ และเรื่อง Smart Farm : เทคนิคและรูปแบบการ พัฒนาเครือข่ายเกษตรอินทรีย์วิถีพุทธจังหวัดเชียงราย เป็นต้น
5) ปีงบประมาณ 2561 ได้รับอนุมัติให้ดําเนินการโครงการวิจัยเบื้องต้น 361 โครงการ ด้วยเงิน งบประมาณ จํานวน 50,817,300 บาท โดยมีโครงการวิจัยเด่น เช่น การพัฒนาคุณธรรมและพฤติกรรม การเรียนรู้ของเด็กและเยาวชนด้วยขบวนการสื่อ สร้างสรรค์เชิงพุทธ สติปัฏฐานกับการป้องกันภาวะซึมเศร้า ของผู้สูงอายุ การพัฒนาศักยภาพการรองรับนักท่องเที่ยวสาธารณรัฐประชาชนจีนของผู้ประกอบการและ ชุมชนในจังหวัดเชียงราย ภูมิศาสตร์วัฒนธรรม: เส้นทางอารยธรรมและการเชื่อมโยงพระพุทธศาสนาใน ภูมิภาคลุ่มน้ําโขง การฟื้นฟูคุณภาพชีวิตของผู้สูงอายุที่ได้เข้าร่วมโครงการการปฏิบัติวิปัสสนากัมมัฏฐาน
แนวโน้มในอนาคตสู่พันธกิจใหม่ ภายใต้กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม
จําเป็นต้องพัฒนาระบบงานวิจัย งบประมาณเพื่อพัฒนานวัตกรรมทางสังคมวิถีพุทธ
