สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2522 เพื่อเป็นอนุสรณ์เนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวพระปิยมหาราช ได้ทรงสถาปนามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ครบรอบ 90 ปี มีภารกิจสำคัญคือ ดำเนินการวิจัยและพัฒนางานวิชาการ เพื่อสร้างองค์ความรู้ควบคู่ไปกับกระบวนการเรียนการสอน เน้นการพัฒนาองค์ความรู้ในพระไตรปิฎก โดยวิธีสหวิทยาการแล้วนำองค์ความรู้ที่ค้นพบมาประยุกต์ใช้แก้ปัญหาศีลธรรมและจริยธรรมของสังคม รวมทั้งพัฒนาคุณภาพงานวิชาการด้านพระพุทธศาสนา
สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ แม้จะก่อตั้งมาตั้งแต่ พ.ศ.2522 ก็ตาม แต่การดำเนินงานสนองนโยบายตามวัตถุประสงค์ที่ตั้งเอาไว้ ได้เริ่มปฏิบัติอย่างจริงจังเมื่อ พ.ศ. 2527 โดยมหาวิทยาลัยได้ออกคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นมา 2 คณะ คือ คณะกรรมการนโยบายและคณะกรรมการดำเนินงาน รวมทั้งได้แต่งตั้งเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงานซึ่งประกอบด้วย ผู้อำนวยการ รองผู้อำนวยการ เจ้าหน้าที่ฝ่ายวิชาการ และเจ้าหน้าที่ฝ่ายธุรการ
การดำเนินงานในระยะแรก ฝ่ายบริหารได้ดำเนินตามนโยบายที่กำหนดไว้ควบคู่ไปกับการศึกษารูปแบบการทำงาน ดังนั้นในปี พ.ศ.2530 จึงได้จัดประชุมกำหนดนโยบายเร่งด่วนของสถาบัน คือ สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์จะต้องเน้นการวิจัยตนเองเป็นหลัก เพื่อให้ทราบบทบาทและประสิทธิภาพของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ต่อมาคณะอนุกรรมการยกร่างงานวิจัยจึงได้กำหนดโครงการวิจัยขึ้นมา 3 โครงการ คือ
1) ประสิทธิภาพการผลิตพระพุทธศาสตรบัณฑิต
2) ศึกษาบทบาทและหน้าที่ของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในทัศนะของอาจารย์ บัณฑิตพุทธศาสตรบัณฑิตและพระสังฆาธิการ
3) ศึกษาติดตามผลผู้สำเร็จการศึกษาพุทธศาสตรบัณฑิต ปี พ.ศ.2528-2529
โดยมอบหมายให้สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ เร่งดำเนินการให้แล้วเสร็จทันงานฉลอง มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยครบ 100 ปี ในปี พ.ศ.2532 จากนั้น สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ ได้ดำเนินการพัฒนาโครงการวิจัยอย่างต่อเนื่องเพื่อสนับสนุนพันธกิจหลักของมหาวิทยาลัย คือ การพัฒนาการวิจัยทางพระพุทธศาสนาควบคู่กับศาสตร์สมัยใหม่เพื่อการพัฒนาจิตใจและสังคม
